Tiếp tục những những kết quả của cuộc cải cách tư pháp năm 1950, năm 1958, theo đề nghị của Hội đồng Chính phủ, kỳ họp thứ 8 của Quốc hội khóa I đã quyết định thành lập Tòa án nhân dân tối cao và Viện công tố trung ương, coi như là những cơ quan trực thuộc Hội đồng Chính phủ, đứng ngoài và độc lập với Bộ Tư pháp. Hơn một năm sau, Hiến pháp năm 1959 quy định thành lập hệ thống cơ quan xét xử của Nhà nước đứng đầu là Tòa án nhân dân tối cao và hệ thống cơ quan kiểm sát đứng đầu là Viện kiểm sát nhân dân tối cao. Cả hai cơ quan tư pháp tối cao này đều trực tiếp chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội và Ủy ban thường vụ Quốc hội, không còn chịu sự lãnh đạo của Hội đồng Chính phủ như giai đoạn trước đó.