Tiền thân Đoàn cơ sở Cục Thi hành án dân sự TP.Hồ Chí Minh là Chi đoàn cơ sở Phòng Thi hành án dân sự TP.Hồ Chí Minh trực thuộc Đoàn Sở Tư pháp TP.Hồ Chí Minh, và chính thức trở thành Đoàn cơ sở Cục Thi hành án dân sự TP.Hồ Chí Minh từ năm 2009. Hiện tại Đoàn cơ sở Cục Thi hành án dân sự TP.Hồ Chí Minh có 02 chi đoàn trực thuộc là Chi đoàn Phòng Nghiệp vụ và Chi đoàn Liên phòng với tổng số 46 đoàn viên. Ban Chấp hành Đoàn cơ sở Cục Thi hành án dân sự TP.Hồ Chí Minh hoạt động với nguyên tắc dân chủ, tập trung thể hiện tinh thần đoàn kết, trách nhiệm, có sợ phân công trách nhiệm cụ thể theo từng lĩnh vực.