Tuy nhiên, trên thực tế, cơ quan THADS khi xử lý tài sản bảo đảm thì nhiều trường hợp không thu đủ số tiền phải thi hành án, mặt khác, việc xử lý tài sản bảo đảm rất khó khăn, phức tạp, cụ thể như:
Một là khó khăn việc xác minh hiện trạng tài sản bảo đảm là bất động sản; truy tìm tài sản là động sản. Chi phí xác minh tài sản lớn nhưng cơ quan THADS không được cấp hoặc cấp không đủ.
Hai là khó khăn trong việc giao tài sản và hoàn thiện thủ tục chuyển quyền sở hữu, quyền sử dụng cho người mua trúng đấu giá.
Ba là, khi xử lý xong tài sản đảm bảo nhưng số tiền không đủ nghĩa vụ thanh toán và người phải thi hành án không còn tài sản nào khác để thi hành án nên không kết thúc được dẫn đến phải theo dõi.
Bốn là  Nhiều vụ việc tài sản thế chấp là đất không đúng với hiện trạng sử dụng, như chồng lấn sai ô thửa, tài sản trên đất không đúng với khi lập hồ sơ thế chấp nên mất nhiều thời gian cho việc hoàn thiện hồ sơ cũng như đính chính giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Năm là việc hoãn thi hành án trong trường hợp Tòa án thụ lý tranh chấp liên quan đến tài sản bảo đảm đã được bản án, quyết định của Tòa án có hiệu lực thi hành tuyên kê biên, xử lý để đảm bảo thu hồi khoản nợ cho tổ chức tín dụng.
Những khó khăn vướng mắc nêu trên xuất phát từ nhiều nguyên nhân như: sự bất cập trong các quy định pháp luật; người phải thi hành án chống đối cản trở việc thi hành án; bản án, quyết định của Tòa án tuyên chưa rõ ràng; sự thiếu tinh thần trách nhiệm của các tổ chức tín dụng, ngân hàng khi cho vay và quản lý tài sản bảo đảm; sự phối hợp và hợp tác của các cơ quan hữu quan trong việc tổ chức thi hành án....
Để khắc phục những khó khăn, vướng mắc trên và nâng cao hiệu quả giải quyết các vụ việc có giá trị lớn cho các tổ chức tín dụng Ngân hàng, thiết nghĩ cần thực hiện một số giải pháp sau.
Một là, đối với Thủ trưởng các cơ quan THADS:
Có sự kiểm soát chặt chẽ các hồ sơ ngay từ khâu tiếp nhận đến thụ lý ra quyết định thi hành án và tổ chức thi hành án. Có sự phân công hợp lý hồ sơ thi hành án giữa các Chấp hành viên trong đơn vị, đảm bảo phát huy năng lực của các Chấp hành viên trong quá trình tổ chức thi hành vụ việc.
Chỉ đạo Chấp hành viên xây dựng các kế hoạch giải quyết các vụ việc phức tạp hoặc có số tiền phải thi hành án lớn. Thường xuyên kiểm tra tiến độ giải quyết hồ sơ của các Chấp hành viên tránh tình trạng hồ sơ “bị quên” hoặc “bị chậm”; kịp thời hướng dẫn, chỉ đạo tháo gỡ khó khăn cho Chấp hành viên đặc biệt là các khó khăn trong công tác phối hợp. Giải quyết kịp thời khiếu nại của đương sự trong quá trình tổ chức thi hành án tránh tình trạng khiếu nại gay gắt, khiếu nại vượt cấp.
Chủ động tham mưu, đề xuất với Cục THADS tỉnh, Huyện uỷ, HĐND, UBND, Ban chỉ đạo THADS huyện để tranh thủ sự ủng hộ và quan tâm chỉ đạo phối hợp đối với công tác THADS trên địa bàn. Đặc biệt đối với những khó khăn, vướng mắc mà cần có sự tham gia giải quyết của các cơ quan hữu quan. Phối hợp chặt chẽ với cấp uỷ, chính quyền địa phương tuyên truyền, vận động đương sự tự nguyện thi hành án; phối hợp với các cơ quan VKS,TAND, cơ quan hữu quan trong việc tổ chức giải quyết các vụ việc khó khăn phức tạp.
Có kế hoạch tổ chức thi hành án cụ thể, phù hợp với tính chất, mức độ phức tạp của từng vụ việc; Tập trung chỉ đạo dứt điểm đối với số việc có điều kiện thi hành án. Tăng cường công tác kiểm tra, đôn đốc, thuyết phục, xác minh, phân loại án có điều kiện, án chưa có điều kiện và việc giải quyết khiếu nại, tố cáo trong thi hành án kịp thời, đúng pháp luật, tránh khiếu nại vượt cấp. Tập trung giải quyết dứt điểm các vụ việc đang bán đấu giá tài sản và các vụ việc đã bán đấu giá tài sản thành nhưng chưa giao được tài sản.
Hai là, đối với các Chấp hành viên:
Khi tiếp nhận quyết định thi hành án được phân công tổ chức thi hành, Chấp hành viên phải nghiên cứu kỹ nội dung bản án, quyết định của Tòa án. Đối chiếu giữa quyết định thi hành án với phần quyết định của bản án, quyết định của Tòa án tránh tình trạng hồ sơ đang hoặc đã tổ chức thi hành án xong mới phát hiện ra quyết định thi hành án có vấn đề.
Xác định rõ các công việc cần phải thực hiện trong quá trình tổ chức thi hành án, các vấn đề cần phải xác minh, làm rõ về điều kiện thi hành án, tài sản bảo đảm của người phải thi hành án... để có sự phân bổ thời gian giải quyết phù hợp, tránh tình trạng chậm hoặc bỏ sót thủ tục thi hành án. Trong quá trình tổ chức thi hành án Chấp hành viên phải tuân thủ chặt chẽ các thủ tục về thi hành án (về cả hình thức lẫn nội dung) cũng như thực hiện lưu trữ đầy đủ các tài liệu.
Đối với tài sản của người thứ ba thế chấp để bảo đảm nghĩa vụ cho người phải thi hành án, trước khi kê biên, xử lý tài sản của thì Chấp hành viên cần làm việc với chính quyền địa phương để tuyên truyền, giải thích rõ nghĩa vụ thi hành án của người thứ ba để chính quyền nắm được thông tin, có sự chia sẻ và hỗ trợ cơ quan THADS trong quá trình kê biên, xử lý tài sản.
Đối với doanh nghiệp phải thi hành án, Chấp hành viên nên thực hiện các quyền mà pháp luật đã cho phép như cấm xuất cảnh để hạn chế người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp dời khỏi Việt Nam gây khó khăn cho việc tổ chức thi hành án. 
Tiến hành kiểm tra năng lực của các tổ chức làm dịch vụ liên quan đến quá trình tổ chức thi hành án như: tổ chức đo vẽ đất, tổ chức thẩm định giá, tổ chức đấu giá tài sản … trước khi quyết định lựa chọn và ký hợp đồng dịch vụ. Khi ký các hợp đồng dịch vụ Chấp hành viên phải xác định rõ thời hạn mà các tổ chức đó phải hoàn thành tránh tình trạng kéo dài làm ảnh hưởng đến thời gian tổ chức thi hành án, đồng thời phải kiểm soát chặt chẽ việc thực hiện hợp đồng đặc biệt là hợp đồng với các tổ chức đấu giá nhằm đảm bảo việc thực hiện hợp đồng theo nội dung đã ký kết và đúng quy định pháp luật.
Trước khi thực hiện việc kê biên, Chấp hành viên phải xác định rõ các khoản thuế, phí liên quan đến việc chuyển quyền sở hữu, sử dụng tài sản và trách nhiệm nộp cũng như khả năng nộp (đối với trường hợp người phải thi hành án có nghĩa vụ nộp), các loại thuế, phí khác mà người phải thi hành án còn nợ (nếu có) … trên cơ sở đó thông báo công khai để người có nhu cầu đăng ký mua tài sản biết, cân nhắc trước khi quyết định.
Chấp hành viên chỉ tiến hành làm việc đại diện của tổ chức tín dụng, ngân hàng khi họ được ủy quyền. Chấp hành viên phải yêu cầu các tổ chức tín dụng, ngân hàng phải nộp giấy chứng nhận về quyền sử dụng đất ngay sau khi kê biên (yêu cầu này phải được thể hiện bằng văn bản), trường hợp các tổ chức tín dung, ngân hàng không chấp hành Chấp hành viên nên tiến hành xử phạt vi phạm về hành chính theo quy định tại khoản 2 Điều 52 Nghị định số 110/2013/NĐ-CP ngày 24/9/2013 (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 67/2015/NĐ-CP ngày 24/8/2015) của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bổ trợ tư pháp, hành chính tư pháp, hôn nhân và gia đình, THADS, phá sản doanh nghiệp, hợp tác xã.
Chấp hành viên phải thực hiện việc cung cấp thông tin trong trường hợp kê biên hoặc giải tỏa kê biên tài sản thi hành án theo đúng quy định tại Điều 11 của Thông tư liên tịch số 15/2013/TTLT-BTP-BGTVT-BTNMT-BCA ngày 05/11/2013 giữa Bộ Tư pháp, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài nguyên và môi trường, Bộ Công an hướng dẫn việc trao đổi, cung cấp thông tin về tài sản bảo đảm giữa cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm với tổ chức hành nghề công chứng, cơ quan THADS và cơ quan đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng, quyền lưu hành tài sản. 
Kịp thời báo cáo những khó khăn, vướng mắc trong quá trình tổ chức thi hành án để lãnh đạo đơn vị biết và chỉ đạo, giải quyết. Trong quá trình thi hành án Chấp hành viên phải tăng cường hơn nữa công tác tuyên truyền, giáo dục, thuyết phục nhất là tuyên truyền về Luật THADS để đương sự hiểu và tự nguyện thi hành án.
Ba là, Đối với Ngân hàng và các tổ chức tín dụng
Để hạn chế những rủi ro do việc kinh doanh từ khi ký kết hợp đồng tín dụng khi cho vay Ngân hàng và các tổ chức tín dụng cần cân nhắc nhận thế chấp cả tài sản gắn liền với quyền sử dụng đất; tổ chức thẩm định hồ sơ chặt chẽ về tình trạng tài sản thế chấp, bảo lãnh, thẩm định giá theo đúng giá trị thực tế và đánh giá tác động về biến động giá trị của tài sản trong tương lai gần.
Trong quá trình tổ chức thực hiện hợp đồng, tổ chức tín dụng, ngân hàng cần có biện pháp theo dõi, kiểm tra tài sản đảm bảo, kịp thời có biện pháp xử lý khi có vấn đề vướng mắc xảy ra. Đồng thời, nếu vụ việc đã khởi kiện yêu cầu Tòa án giải quyết thì tổ chức tín dụng, ngân hàng cần phối hợp chặt chẽ với Tòa án và cơ quan có thẩm quyền trong quá trình tố tụng để đảm bảo bản án, quyết định có tính khả thi (nhất là đối với các loại việc công nhận hòa giải thành).
Quá trình thi hành án cần có sự phối hợp chặt chẽ với các cơ quan THADS, lập kế hoạch để tổ chức thực hiện; xử lý các vướng mắc về chuyên môn nghiệp vụ, kiểm tra việc triển khai và thực hiện.
Trong quá trình tổ chức thi hành án, tổ chức tín dụng, ngân hàng cần phối hợp chặt chẽ hơn nữa với cơ quan THADS trong việc giải quyết thi hành án; đẩy mạnh phối hợp trong công tác xác minh, thông báo thi hành án, kê biên và thẩm định giá, bán đấu giá tài sản. Trường hợp tài sản không bán được, đề nghị ngân hàng và tổ chức tín dụng xem xét có hướng nhận tài sản để đảm bảo thi hành án, vì hầu hết các vụ việc tồn đọng hiện nay đã kê biên, giảm giá nhiều lần không bán được.
Có thể thấy, để việc giải quyết các vụ việc có giá trị lớn cho các tổ chức tín dụng Ngân hàng sự đạt hiệu quả tích cực thì cần hạn chế, loại trừ triệt để các nguyên nhân, lý do dẫn đến khó khăn, vướng mắc, bất cập nêu trên. Và để tháo gỡ các khó khăn, vướng mắc, bất cập này cần phải có sự vào cuộc kịp thời, quyết liệt, đồng bộ, sự nỗ lực, cố gắng của nhiều bên trong đó chủ thể chính là Cơ quan THADS, Các tổ chức tín dụng ngân hàng, ngoài ra cũng không thể thiếu được sự phối hợp chặt chẽ, tích cực của các ban, ngành, đoàn thể, các cơ quan liên quan trong quá trình tổ chức thi hành án.